Babel 6.x では extends したクラスに instanceof を使うと正しい結果を返しません。 バグのようです。なので、対策が必要です。
class MyCustomError extends Error {
};
console.log(new MyCustomError() instanceof Error); // true
console.log(new MyCustomError() instanceof MyCustomError); // false (Bug)こんな感じでバグります。
いくつか対策(回避)方法はあるようですが、 babel-plugin-transform-builtin-extend を入れることが良いと思います。
.babelrc
{
"presets": ["es2015"],
"plugins": [
"transform-class-properties"
]
}